Fristående grundskolor fick 94 200 kr i ersättning (skolpeng) per elev från kommunerna 2018. Dessa bidrag täcker cirka 90 procent av de fristående grundskolornas totala kostnader per elev. Att friskolor får lägre ersättning än kommunala skolor beror bl a på en socioekonomisk fördelning av resurserna.
Kommunernas kostnad för fristående grundskolor var drygt 16,7 miljarder kronor 2018, det motsvarar 13,7 procent av den totala kostnaden för grundskola.
Jämfört med kommunala grundskolor hade fristående grundskolor i genomsnitt högre kostnader per elev för lokaler och inventarier, skolmåltider och läromedel, utrustning och bibliotek 2018. För dessa kostnader betala fristående skolor betalar, till skillnad från kommuner, moms. Kostnaderna för elevhälsa, undervisning och övriga kostnader var lägre. Jämfört med kommunala grundskolor var kostnaden per elev 9,2 procent lägre i fristående skolor. I kommunala grundskolor kostade en elev 113 500 kronor och i fristående skolor 104 600.
En elev i kommunal gymnasieskola kostade i genomsnitt 125 600 kronor 2018. Den genomsnittliga kostnaden per elev i fristående skolor var 110 800 kronor. Landstingen, som huvudsakligen erbjuder naturbruksutbildningar, hade 2017 en genomsnittlig kostnad på 215 900 kronor per elev.